Парк представляет выдающийся пример проявления значительных процессов развития наземных и пресноводных экосистем в постледниковый период. Здесь сохранился самый крупный в Европе массив.
репрезентативных зональных коренных сообществ бореальных хвойных лесов, включающих девственные климаксовые сообщества ельников и сосняков, а также их разнообразные естественно регенеративные стадии. Развитые здесь экосистемы не нарушены, их внешний облик и структура формировались длительный период времени, они обладают высоким биоразнообразием. В связи с этим разнообразные процессы естественной динамики и эволюции этих таежных экосистем могут рассматриваться как эталонные. Значительная часть территории Парка является одним из крупнейших в мире и самым большим в Европе комплексным болотно-лесным заповедником. При этом болота занимают свыше 40% всей площади Парка. Ненарушенные верховые и переходные болота отличаются полнотой и разнообразием видового состава и связанной с проходящими здесь природными границами болотных зон сложной организацией структуры. Современные процессы динамики болот выражены очень ярко. Первозданные озерно-болотные системы Парка играют важнейшую роль в поддержании стабильного водного баланса обширной территории водосборного бассейна Балтики. Болотные комплексы Парка, вследствие их полной ненарушенности, имеют огромное значение для изучения циклов СО. Для Парка также характерен естественный ход гидрологических процессов, отсутствие какого-либо антропогенного воздействия и загрязнения, что является большой редкостью в настоящее время. Процессы эволюции и естественной динамики ненарушенных болотных и таежных экосистем в Парке являются эталонными для восточно-европейских средне- и северотаежной ландшафтных провинций и представляют огромную ценность для фундаментальных географических и экологических исследований.
Парк выделяется удивительными по привлекательности чертами. По своим размерам, степени сохранности и целостности этот массив болотно-таежных угодий является одним из крупнейших в Европе и мире. В настоящее время лесной массив Водлозерья представляет собой своеобразный остров в море вырубок. Леса Парка производят незабываемое впечатление по причине их природной ненарушенности, величины и возраста древесных пород. Озера Парка весьма аттрактивны. Замечательные памятники деревянной архитектуры на островах придают Водлозерью своеобразный облик.
На территории Парка сохранен крупнейший в Европе массив коренных лесов европейской тайги. Здесь господствуют темнохвойные ельники и светлые сосняки, встречаются гигантские сибирские лиственницы, произрастающие на западной границе своего ареала. Средний возраст древостоев 200-240 лет, отдельные экземпляры сосны и ели достигают 500-летнего возраста.
Леса населены многочисленными таежными обитателями — есть бурый медведь, рысь, росомаха, куница, барсук, выдра, лисица, лось и северный олень.